세제 혜택 받으려면 처분 서둘러야…등록임대·2주택 특례 축소

[경제일보] 정부가 주택 관련 세제 특례의 적용 기한과 요건을 조정하면서 등록 임대사업자와 일시적 2주택자의 매도 시계가 빨라지게 됐다. 조정대상지역 매입임대 아파트는 내년 말까지 팔아야 기존 양도소득세 중과 배제 혜택을 받을 수 있고 상생임대주택 특례도 올해 말 종료된다.
 
일시적 2주택자의 종전 주택 처분 기한 역시 3년에서 2년으로 줄어든다.
 
29일 정부는 국무회의에서 이 같은 내용을 담은 소득세법·법인세법·종합부동산세법·상속세 및 증여세법 시행령 개정안을 심의·의결했다. 지난달 발표한 ‘2026년 세제개편안’의 후속 조치로 개정안은 다음 달 1일부터 공포 및 시행된다.
 
가장 큰 변화는 조정대상지역에 있는 매입임대 아파트의 세제 혜택에 사실상 시한이 생긴 점이다. 앞으로는 2027년 12월31일까지 양도하는 경우에 한해 기존 혜택을 받을 수 있다.
 
다만 임대의무기간이나 재건축·재개발 일정 때문에 처분이 어려운 경우에는 별도의 유예기간을 둔다. 2027년 1월1일을 기준으로 의무 임대기간이 끝나지 않았다면 등록말소일부터 1년까지 기존 특례를 적용하고 중과 배제 기한이 끝나기 전에 재건축·재개발 절차가 진행된 경우에는 이전고시일부터 1년까지 기존 특례를 적용한다.
 
등록임대사업자가 자신이 거주하는 주택을 팔 때 적용받는 1세대 1주택 특례는 유지된다. 조정대상지역 매입임대 아파트의 등록이 말소되더라도 이후 5년 안에 거주주택을 양도하면 현행과 같이 관련 요건에 따라 1세대 1주택 특례를 받을 수 있도록 했다.
 
임대료를 5% 이내에서 올린 임대인에게 거주요건을 면제해주는 상생임대주택 특례는 예정대로 올해 종료된다. 현재는 일정 기간 상생임대를 한 경우 양도세 1세대 1주택 비과세와 장기보유특별공제를 받을 때 필요한 2년 거주요건을 면제해주고 있다.
 
특례 종료 이후에도 이미 상생임대 요건을 충족한 주택에는 일정 기간 처분 기회를 준다. 상생임대차계약이 올해 말까지 끝난 경우 내년 12월31일까지 양도하면 거주요건을 면제받을 수 있고 이후 임대기간이 끝나는 주택은 종료 후 1년 이내에 양도해야 한다. 특례 적용은 늦어도 2029년 12월31일까지다.
 
조정대상지역 내 일시적 2주택자에게 주어지는 종전 주택 처분 기간도 3년에서 2년으로 줄어든다. 양도세는 올해 8월4일 이후 새 주택을 취득하고 10월1일 이후 종전 주택을 양도하는 경우부터 바뀐 규정이 적용된다.
 
종합부동산세 역시 일시적 2주택 특례 기간을 3년에서 2년으로 줄이되 기존 주택 취득 시점과 계약 시기에 따라 종전 규정을 적용하는 경과조치를 둔다. 지난달 3일 이전에 주택을 취득했거나 개정 전 매매계약을 체결하고 계약금까지 지급한 경우에는 기존 3년 규정을 적용받을 수 있다.
 
반면 지방 주택시장에 대한 세제 지원은 일부 연장된다. 비수도권 준공 후 미분양주택을 양도세 중과나 종부세 주택 수 산정에서 제외하는 특례의 적용 기한은 내년 12월31일까지 1년 늘어난다. 현재 시행령에서도 일정 요건을 갖춘 비수도권 준공 후 미분양주택은 종부세 주택 수에서 제외하도록 규정하고 있다.
 
이번 개정으로 등록임대주택과 상생임대주택, 일시적 2주택 모두 세제 혜택을 받기 위해 맞춰야 할 처분 시점이 한층 중요해졌다. 특히 임대차계약이나 의무임대기간이 남아 있는 주택은 같은 등록임대주택이라도 적용 기한이 달라질 수 있어 보유 기간과 계약 종료 시점을 함께 따져야 한다.